Resident Evil 3 Nemesis si svolge quasi parallelamente a Resident Evil 2: inizia un giorno prima e si conclude quello successivo. Jill Valentine e Leon Scott Kennedy (il poliziotto protagonista del capitolo precedente) percorrano strade diverse, attraversano nello stesso momento la centrale di polizia. Nel video introduttivo del gioco si vede un gruppo di zombie che avanzano nelle strade della città attaccando i sopravvissuti, Jill Valentine, un membro S.T.A.R.S. che si trova in città al momento del contagio, si ritrova invischiata in questa difficile situazione, ma decidi di non arrendersi e fuggire...quale sarà il suo destino?